为了缓解交通压力，南京市政府从城南保护街区中打通中山南路延伸线，老街区被接连拆除的序幕由此拉开。

为迎接“第三届全国城市运动会”，将中华路（南唐御街）两侧历史建筑全部拆除，为在五台山体育馆前拓宽道路，将市级文物永庆寺拆除。

金沙井、百花巷传统民居保护区被破坏，明代状元焦竑故居、明代大学士程国祥故居、清代方苞教忠祠、太平天国铜作坊建筑、民国总统府照壁等大批文物保护单位被拆毁。

提出“建新城，保老城”，制定了《历史文化名城保护规划》和《老城保护与更新规划》。至此，据规划部门统计，90%的老城已被改造。

“老城改造”中，在城北，最后一块明清古街区邓府巷被拆除，此后，城北地区的明清街区已完全消失。

成立“双拆”(拆除违法建筑、拆迁危破房屋)指挥部，颜料坊、安品街、船板巷、门东的多片历史街区被拆除。

成立“危旧房片区改造工作领导小组”，提出2010年基本完成全市重点危旧房片区改造任务。

春节后，声势浩大的“危改”拆迁启动，古城里残存的几片古旧街区被列入2009年 “危旧房改造计划”，总面积上百万平方米，并且由原计划中的两年压缩为一年完成。